Ninja musuh dari Tanah Langit, melakukan pembalasan, berpaling melawan penduduk Desa Daun kerana menghancurkan Negara Langit dalam Perang Dunia Ninja Besar Kedua.

Sementara Naruto Uzumaki, Sakura Haruno dan Hinata Hyuga menemani Amaru dan Doktor Shinnō kembali ke kampung mereka, Sai dan Shino Aburame menghancurkan pangkalan kapal ninja langit. Orochimaru, yang menderita badannya yang sudah habis masa, memerintahkan Sasuke Uchiha untuk meminta seorang lelaki membantunya menyempurnakan reinkarnasinya. Di kampung yang terbakar, Amaru mencari semua orang dan perangkap yang nampaknya membunuh Shinnō. Setelah Amaru memulihkan akal, mereka terus menjumpainya. Setelah Hinata dipisahkan dari pasukan, Amaru dirasuki oleh raksasa Zero-Tailed, Reibi. Naruto berubah menjadi iblis, tetapi meterai itu menekan chakra Rubah Sembilan-Ekor di dalam dirinya dan Amaru menentang kekuatan untuk menghancurkan Reibi. Di kubu terapung Ancor Vantian, Naruto mengetahui bahawa Shinnō yang telah pulih mengkhianati mereka, menggunakan Amaru untuk meneliti kekuatan kegelapan lima belas tahun yang lalu dan gulungan rahsia kampung. Setelah Shinnō mengaktifkan Body Revival Technique buat sementara waktu, Naruto menghentikan Amaru daripada membunuh diri dan terlepas dari ingatan mereka. Sasuke mengganggu serangan dan memberitahu Shinnō yang lemah untuk membantu Orochimaru, tetapi Shinnō menolak, memberikan jutsu reinkarnasi tatal ke Sasuke dan jatuh ke pintu perangkap. Naruto dan Sasuke berhadapan dengan Shinnō yang mengungkapkan kepompong raksasa menjadi Zero-Tails dan berubah menjadi monster penyerap chakra. Setelah Sasuke melepaskan tanda kutukan dan Naruto dengan chakra rubah, mereka berlebihan untuk mengalahkan Shinnō dengan Lightning Blade dan Tornado Rasengan, menyebabkan pangkalan jatuh. Sementara ninja daun menyusup untuk memusnahkannya, Amaru, Hinata dan penduduk kampung yang dibebaskan bersiap untuk pergi. Setelah Naruto menghancurkan kubu itu dengan Rasengan (螺旋 丸, sfera lingkaran cahaya, manga Inggeris: "Spiral Chakra Sphere") dan jatuh di langit, Amaru menunggang luncur untuk menyelamatkannya. Mereka mendarat dengan selamat di Gamabunta.

Setelah kembali ke tempat persembunyian dan memberikan tatal ke Orochimaru, Sasuke meneruskan latihan.